...sólo el penitente pasará...

esta entrada va dedicada a todos los que nos pasamos el pasado verano encerrados entre pipetas, mecheros Bunsen, subidas y bajadas por escaleras de emergencia, conversaciones frikis (i.e., entre Darth Vader y Superman, quién ganaría?), etc. ... a todos aquellos que subestimamos la biología molecular y sobreestimamos la microbiología... snif... snif... ¡¡y a todos mis fans!! porque cuando tienes la cabeza metida en una montaña de farla... ejem, no, en serio, a lo que iba...
desde que vi las gráficas quería publicar este post, pero me he esperado a replicarlas por simple consciencia metódica (o por no llenarme la boca de cosas inciertas...)... os voy a presentar aquello por lo que el verano arañamos las paredes, por lo que hicimos jornadas de 12 horas en un lab sin aire acondicionado a partir de las 17h... aquí está el escaneado...

bien, voy a aclarar cosas, para que todos nos entendamos: los niveles de gris que se ven, realmente son niveles de fluorescencia roja, debidos a una proteína roja llamada RFP (red fluorescence protein, sí, los biólogos no son muy creativos al poner nombres)... está foto se ha conseguido exponiendo las cubetas con las bacterias (vivas) a una determinada longitud de onda (lambda), la proteína se ha excitado con esa lambda y ha emitido a otra lambda que, curiosamente, cae en el la zona roja del espectro...
paso a explicar los cartelitos... el de abajo, que pone 'estándar' se refiere a esa fila, que es un estándar de la proteína que se consiguió rebentando (literalmente) unas bacterias que eran hermanas de las vivas...
veamos las columnas de derecha a izquierda, son cuatro réplicas de cada: 'control -' se refiere a un control negativo, es una bacteria que no debería emitir en esa lambda ya que no tiene la proteína fluorescente (lo usaremos como 'fondo', como un balance de blancos cualquiera, para restárselo a las demás medidas).

a continuación tenemos una serie de promotores que nos dan una diferente cantidad de proteína en cada bacteria (lo que en un anterior post llamé la 'fuerza' del promotor):

- pOmpR y pOmpRm son dos versiones de un mismo promotor, el pOmpRm suponíamos que era más débil que el pOmpR pero las evidencias que teníamos eran pocas (una gráfica con dos campanas que se solapaban demasiado para que cualquier test estadístico nos lo diera como significativamente diferente)

- después tenemos el promotor pLac, que es un promotor que transcribe más (se hace más fuerte, saca más proteínas) cuanto mayor sea la concentración de IPTG en el medio (IPTG es un elemento que el investigador añade al gusto a donde estén creciendo las bacterias)... los diferentes números bajo el nombre del promotor son las concentraciones milimolares del IPTG que le hemos añadido al medio...

os pueden parecer chorradas, pero con esto en la mano, hubiese ido a Boston con una sonrisa de oreja a oreja... y nuestra presentación hubiese tenido más chicha y... qué decíamos de la historia-ficción??

y si, además de ese fotito, hubiésemos tenido el siguiente histograma, os aseguro que ganamos algún que otro premio... después de normalizar con el control negativo y semi-cuantificar con el estándar, esa foto se convierte en el siguiente histograma:

igual me emociono en demasía, pero es que este verano me hubiese ENCANTADO terminar teniendo estas cuantificaciones... he de admitir que los datos son todos míos (o sea que yo he hecho el trabajo) pero que éste no se hubiese ni empezado si no fuese porque alguien antes había puesto a punto los protocolos...

en fin, en ciencia, sólo el penitente pasa... y no hay caminos cortos...

p.d.: iGEMeros, efectivamente, había significatividad entre el pOmpR y el pOmpRm, si lo normalizábamos por la densidad óptica... y, para el que se acuerde (y esto va para nota), la respuesta de un promotor a su cofactor, efectivamente, era lineal si estamos en el escalón de la ecuación de Hill...