sábado, 7 de julio de 2007

rebentant a una Dyctiostelium virtual...

les vesprades les passem davant d'un ordenador. fins avui les profes ens donaven el problema i esperaven preguntes. són problemes de biologia (molecular, ecologia, inclòs de probabilitats) dels quals cal entendre què se't pregunta, què buscar, com dir-li això al programa i interpretar resultats. als biòlegs freaks se'ns dóna bé entendre les preguntes, però la comunicació en funcions i loops ja és una altra història. si eres enginier o matemàtic o físic ja has vist amb anterioritat el llenguatge de programació i saps, més o menys, quines son les ordres que entén, o pot entendre, una placa de silici. ens donaren una breu introducció al SciLab, que ve a ser un clon del MatLab dels gabatxos, però es quedaren a les portes de la part densa de la programació. així que, una vegada resolt el què volem saber, estem Borja i jo intentant fer funcionar al programa amb resultats més bé humils. l'assumpte no em molestava massa ja que considere que els programes els han de fer qui sap fer-los, dis-los matemàtics, físics o enginiers, tant dóna. que hem deixen la biologia a mi i que prenguen ells el teclat. és important saber què fa i com ho fa cadascú, però que cadascú faça lo que millor sap fer.

hui ha segut especial en eixe aspecte. Joaquín, el professor de València presentava una pràctica que havia preparat. es basava en unes algues unicel·lulars que fan unes ones periòdiques d’una molècula. ens ha donat les equacions que explicaven el comportament del sistema (ja sabem quina és la pregunta i què volem trobar) i ens ha donat dos opcions: programar-ho nosaltres o donar-nos el codi i ‘experimentar’ amb el sistema. hem pillat la segona opció (i així solventàvem el passar a binari el problema).
¿què ens ha quedava a fer? treure conclusions biòlogiques del sistema. La última part de les pràctiques que es donava molt per damunt de repent es convertia en la primera i principal. dos biòlegs davant un problema ja codificat en binari del qual se li ha de treure tot el suc possible. de sobte la pràctica es convertia, ara si, en un assaig de lo que pot ser el treball d’un biòleg en un grup amb matemàtics o físics. ¿resultat? hem identificat els paràmetres que podien ser d’interés biològic i que foren admissibles canviar i els hem portat a l’extrem. volíem analitzar lo que els entesos anomenen ‘espai de fases’ que ve a ser un diagrama de com el sistema respon davant diferents valors dels paràmetres. hem trobat tantes particularitats al sistema que fins i tot el professor estava sorprés de que realment es comportara com estàvem veient, hem fet a la pobra alga crear ones de període temporal tant petit que era pràcticament inviable, hem dut al sistema a extrems tals que m’he preguntat si realment estàvem jugant o tenia un valor lo que estàvem fent. però lo millor és que totes les excepcions a la regla, tots els comportaments extranys tenien una explicació biològica, és a dir, que li n’hem trobat una, ara falta que siga la bona. estàvem acotant els valors que tindríem que tenir al laboratori per a fer que la cèl·lula responguera com volíem...
i, clar, per primera vegada hem eixit de l’aula d’informàtica amb un somriure a la cara...

-qui ens dóna la classe de demà de 'processos de mort i naixement'?
-ha saber... un freak més...
-bueno, això ni ho dubtes...